Ayat Quran yang dinafikan dimaksudkan kepada ayat Quran yang dinafikan secara terang-terang oleh segolongan umat Islam dimana keujudannya tidak diambil peduli sehingga seolah-olah ia tidak ada, dan tindakan segolongan ini tidak dinafikan oleh pihak yang berkuasa dalam bidang agama.

Ayat-ayat Quran yang dinafikan itu setakat ini :

1. Ayat yang berupa arahan untuk perempuan memakai tudung dan melabuhkan tudungnya hingga kedada.

2. Ayat yang berupa arahan supaya wanita yang sudah berkahwin itu tetap duduk di rumah.

3. Ayat yang berkaitan dengan pembahagian harta pusaka.